人文學院
: 中國語言文學系 、 曆史學系 、 哲學系 、 人類學與民族學系
教育部批准設立的研究機構: 廈門大學历史研究所 、 廈門大學人类学研究所 、 廈門大學中国语言文学研究所 、 人類博物館 、 福建省人文社科重点研究基地 、 人類學研究中心
校批機構: 廈門大學美国史研究所 、 廈門大學哲学研究所 、 廈門大學宗教学研究所 、 廈門大學古籍研究所 、 廈門大學佛学研究中心 、 廈門大學道学与传统文化研究中心 、 陈嘉庚研究室 、 人文學院教学实验中心 、 人類博物館 、 鲁迅纪念馆 、 道学与传统文化研究中心 、 汉语语言学研究中心 、 戏剧戏曲学与艺术学研究中心 、 东南亚华文文学研究中心 、 中国社会经济史研究中心 、 海洋考古學研究中心 、 旅游人類學研究中心 、 廈門大學知識論與認知科學研究中心 、 厦门大學文化发展研究院
共建機構: 中国海关史研究中心
省級示範中心: (福建)省級考古人類學實驗教學示範中心
新聞傳播學院
: 新闻学系 、 广告学系 、 传播学系
校批機構: 廈門大學传播研究所 、 廈門大學海峡媒体研究中心 、 廈門大學品牌与广告研究中心 、 廈門大學舆论研究中心 、 廈門大學福建媒体发展研究院 、 廈門大學福建媒体发展与对外传播协同创新中心
外文學院
系(部): 英語語言文學系 、 歐洲語言文學系 、 日本語言文學系 、 法語語言文學系
教學部: 外语教學部
校批機構: 廈門大學日本語教育研究中心 、 廈門大學外國語言文學研究所 、 廈門大學口、筆譯資格證書考試中心 、 廈門大學雙語詞典與雙語語言文化研究中心 、 外文學院教学实验中心 、 歐洲研究中心 、 廈門大學國外考試中心
藝術學院
: 美术系 、 音乐系 、 设计系
校批機構: 艺术研究所 、 中国欧洲艺术中心 、 艺术教育学院教学实验中心
國學研究院
海外教育學院
系(或相當于系的實體機構): 華文系
教育部批准設立的研究機構: 廈門大學海外华文教育研究所
校批機構: 对外汉语远程教育研究中心 、 日本研究所
國際學院
經濟學院
: 經濟學系 、 統計系 、 財政系 、 金融系 、 國際經濟與貿易系
教育部批准設立的研究機構: 廈門大學經濟研究所 、 廈門大學宏觀經濟研究中心
國家級示範中心: 廈門大學經濟與管理教學實驗中心
國家級虛擬仿真實驗教學中心: 廈門大學经济學科虚拟仿真实验教学中心
省、市共建研究機構: 福建经济研究中心 (省校共建)
校批機構: 廈門大學人口研究所 、 廈門大學国民经济与核算研究所 、 廈門大學财政科学研究所 、 廈門大學金融研究所 、 廈門大學社会主义经济制度研究中心 、 廈門大學特区研究所 、 廈門大學公共财政研究中心 、 廈門大學社会经济统计研究中心 、 廈門大學证券研究中心 、 廈門大學澳大利亚研究中心 、 廈門大學WTO研究中心 、 廈門大學評估研究中心 、 廈門大學兴业银行金融创新研究中心 、 廈門大學劳动经济研究中心 、 廈門大學康乃爾合作中心 、 廈門大學中國能源經濟研究中心 、 廈門大學世界經濟研究中心 、 廈門大學水科技與政策研究中心
王亞南經濟研究院
教育部重點實驗室: 计量经济学教育部重點實驗室(廈門大學)
國家級虛擬仿真實驗教學中心: 廈門大學经济學科虚拟仿真实验教学中心
福建省重點實驗室: 福建省統計科學重點實驗室(廈門大學)
校批機構: 计量经济学研究中心 、 金融研究中心 、 中国劳动经济学与社会保障研究中心 、 中国宏观经济研究中心 、 政治经济学研究中心 、 现代统计学研究中心 、 SAS计量经济学合作中心 、 實驗經濟金融實驗室
管理學院
系(或相當于系的實體機構): 會計學系 、 企業管理系 、 管理科学系 、 旅遊與酒店管理系 、 工商管理教育中心(MBA中心) 、 高級經理教育中心(EMBA項目) 、 廈門大學与厦门国家会计学院会计硕士专业学位联合教育中心 、 物流與項目管理工程碩士教育中心 、 財務學系 、 市場學系
教育部批准設立: 會計發展研究中心
校批機構: 人力资源研究所 、 现代管理科学研究所 、 会计研究所 、 管理學院教学实验中心
財務管理與會計研究院
法學院
教育中心: 廈門大學法律硕士教育中心
校批機構: 国际经济法研究所 、 海洋政策与法律中心 、 民商法研究所 、 世界贸易组织(WTO)研究中心 、 法學院教学实验中心
廈門大學知識産權研究院
廈門國際法高等研究院
公共事務學院
系(或相當于系的實體機構): 政治学系 、 公共管理系 、 社會學系 、 公共管理教育中心(MPA中心)
共建機構: 国家农村社会保险研究中心(劳动与社会保障部委托) 、 婦女/性別研究與培訓基地(全國婦聯共建) 、 福建女性发展研究中心(省校共建)
校批機構: 廈門大學政治学与行政学研究所 、 廈門大學公共管理与政策分析研究中心 、 廈門大學社会发展研究中心 、 公共事務學院教学实验中心 、 廈門大學政府績效管理研究中心 、 廈門大學新西蘭研究中心
公共政策研究院
系(或相當于系的實體機構): 人口与生态研究所 、 心理学研究所
福建省批准设立的研究機構: 公共政策与地方治理协同创新中心(“省级2011协同创新中心”) 、 廈門大學公共政策与政府治理研究中心(“福建省文科重点研究基地”) 、 廈門大學公共服务质量研究中心 (“福建省社会科学研究基地”)
校批機構: 廈門大學区域发展政策研究所 、 廈門大學社会管理创新研究中心
馬克思主義學院
國際關系學院
教育部批准設立的研究機構: 東南亞研究中心 、 (中国)廈門大學马来西亚研究所
教育研究院
教學部: 教育学公共教學部 、 教师教育部
教育部批准設立的研究機構: 廈門大學高等教育科學研究所 、 廈門大學高等教育發展研究中心
校批機構: 廈門大學考試研究中心 、 廈門大學高等教育質量與評估研究所 、 廈門大學中外合作辦學研究中心
台灣研究院
教育部批准設立的研究機構: 廈門大學台灣研究中心
南洋研究院
教育部批准設立的研究機構: 東南亞研究中心 、 (中国)廈門大學马来西亚研究所
海峽兩岸發展研究院
体育教學部
校批機構: 廈門大學國術與健身研究中心
繼續教育學院
機構: 網絡教育、成人教育 、 職業技術教育
南海研究院
社會與人類學院
数學科学学院
: 数学与应用数学系 、 信息与计算数学系 、 概率与数理統計系
教學部: 廈門大學公共数学教學部
校批機構: 廈門大學数学研究所 、 廈門大學精算学研究中心 、 数學科学学院计算科学实验中心
物理科學與技術學院
系(或相當于系的實體機構): 物理學系 、 天文學系 、 生物仿生及软物质研究院 、 电磁声学研究院
教育部批准設立的研究機構: 微纳光电子材料与器件教育部工程研究中心 、 柔性物质研究及应用创新引智基地
福建省批准设立的研究機構: 福建省半导体光电材料及其高效转换器件协同创新中心 、 福建省柔性功能材料重点实验室 、 福建省LED照明与显示行业技术开发基地 、 福建省等离子体与磁共振研究重点实验室 、 福建省半导体材料及应用重点实验室 、 福建省半导体照明工程技术研究中心
厦门市批准设立的研究機構: 厦门市光电信息材料与器件工程技术研究中心
校批機構: 廈門大學理论物理与天体物理研究所 、 廈門大學电子技术研究所 、 廈門大學半导体光子学研究中心 、 中国-澳大利亚功能纳米材料联合实验室
化學化工學院
: 化学系 、 化學工程與生物工程系 、 化學生物學系
國家重點實驗室: 固体表面物理化学國家重點實驗室(廈門大學)
國家工程實驗室: 醇醚酯化工清洁生产國家工程實驗室(廈門大學) 、 新能源汽车动力电源技术國家地方聯合工程實驗室(廈門大學)
教育部批准設立的研究機構: 能源材料化學協同創新中心(廈門大學、複旦大學、中國科學技術大學、中國科學院大連化學研究所) 、 谱学分析与仪器教育部重點實驗室 、 電化學技術教育部工程研究中心 、 教育部物理化學研究所
國家級示範中心: 國家級化學實驗教學示範中心
福建省批准设立的研究機構: 福建省化學生物學重點實驗室 、 福建省理论与计算化学重点实验室 、 福建省电化学工程技术研究中心 、 福建省纳米制备技术工程研究中心 、 福建省新能源汽车动力电池及储能关键材料工程实验室 、 福建省高校化石能源化学与化工重点实验室 、 福建省高校无机化学与功能材料重点实验室 、 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地 、 福建省电镀及表面处理行业技术开发基地
厦门市批准设立的研究機構: 廈門市分子納米技術與分析科學重點實驗室 、 厦门市合成生物技术重点实验室
校批機構: 理論化學研究中心 、 納米科技中心 、 化学电源研究中心
信息學院
: 計算機科學系 、 智能科學與技術系 、 通信工程系 、 網絡空間安全系
教育部批准設立的機構: 水声通信与海洋信息技术教育部重點實驗室 、 电子信息国家级实验教学示范中心
福建省批准设立的研究機構: 海西工業技術研究院通信工程技術中心 、 福建省无线通信接入工程中心 、 智能信息技术福建省高校重点实验室 、 福建省电子与通信工程实验教学中心 、 福建省智慧城市感知與計算重點實驗室 、 福建省海西卫星导航定位技术协同创新中心 、 数字福建物联通信和体系架构安全技术重点实验室 、 数字福建健康医疗大数据研究所 、 数字福建城市交通大数据研究所
市級實驗室或工程中心: 厦门卫星导航研发中试基地 、 厦门市无线通信工程技术研究中心 、 廈門市空間感知與計算重點實驗室
校批機構: 廈門大學语言技术中心 、 廈門大學数字医疗技术研发中心 、 廈門大學模式分析與機器智能研究中心 、 廈門大學云计算与大数据研究中心
共建機構: 廈門大學智能圖像與信息處理研究室 、 廈門大學-美亚柏科网络信息安全联合实验室
材料學院
: 材料科學與工程系 、 生物材料系
福建省批准设立的研究機構: 福建省特种先进材料重点实验室 、 福建省特种陶瓷重点实验室 、 福建省生物医学工程重点实验室
市級實驗室或工程中心: 厦门市高性能金属材料重点实验室 、 厦门市防火助燃材料重点实验室 、 廈門市生物醫學工程技術研究中心
校批機構: 特种先进材料实验室 、 材料設計與應用工程研究中心 、 生物醫學工程研究中心 、 膜技术应用与推广中心 、 廈門大學生物仿生及軟物質研究院
共建機構: 中国一航-廈門大學特种先进材料研究中心 、 廈門大學-日本东北大学材料设计联合实验室
建築與土木工程學院
: 建築系 、 土木工程系 、 城市規劃系
校批機構: 建築與土木工程學院教学实验中心
能源學院
校批機構: 能源研究院
福建省批准设立的研究機構: 福建省新能源産業技術開發基地
薩本棟微米納米科學技術研究院
校批機構: 微機電中心 、 光子学中心
航空航天學院
: 飛行器系 、 動力工程系 、 機電工程系 、 儀器與電氣系 、 自動化系
校批機構: 工程技術中心 、 航空航天教育培訓中心
電子科學與技術學院(國家示範性微電子學院)
: 電子工程系 、 電子科學系
校批機構廈門大學電磁聲學研究院
生命科學學院
: 生物学系 、 生物化学与生物技术系 、 生物医學科学系 、 农业生物技术系
國家重點實驗室: 细胞应激生物学國家重點實驗室
國家工程中心: 國家傳染病診斷試劑與疫苗工程技術研究中心
國家級教學示範中心: 生命科學學院实验教学中心
教育部重點實驗室: 滨海湿地生态系统教育部重點實驗室
教育部批准設立的研究機構: 分子診斷工程研究中心 、 教育部寄生动物学研究室(廈門大學)
國家地方聯合工程實驗室: 天然产物源靶向药物國家地方聯合工程實驗室
福建省批准设立的研究機構: 福建省医学分子病毒研究中心 、 福建省藥物工程實驗室
厦门市批准设立的研究機構: 厦门市医学分子病毒研究中心 、 廈門市海洋微生物新藥工程技術研究中心 、 厦门市植物遗传重点实验室
校批機構: 廈門大學實驗動物中心
藥學院
: 药学系
共建機構: 两岸关系和平发展协同创新中心
教育部批准設立的研究機構: 教育部“核受体肿瘤分子靶点与药物开发”创新团队
福建省批准设立的研究機構: 福建省药学人才培養创新实验区 、 福建省药学实验教学示范中心
厦门市批准设立的研究機構: 海洋活性物质功能、质量和安全性评价技术平台 、 厦门化学创新药研发平台 、 厦门市代谢性疾病重点实验室 、 厦门市手性药物重点实验室 、 厦门市瘤细胞与分子诊疗重点实验室 、 厦门生物医药协同创新中心 、 厦门市靶点新药工程技术研究中心 、 厦门市林下中药资源工程技术研究中心 、 厦门化学创新药研发重大平台(技术支撑单位)
醫學院
: 临床医学系 、 中医学系 、 护理学系 、 眼视光系
教學部: 基础医学部
福建省批准设立的研究機構: 福建省眼科与视觉科学重点实验室 、 福建省神经退行性疾病及衰老研究重点实验室 、 福建省抗癌研究中心 、 福建省基础医学实验教学示范中心 、 福建省药学实验教学示范中心
厦门市批准设立的研究機構: 海峡(厦门)中医药科技平台 、 厦门市手性药物重点实验室
校批機構: 廈門大學眼科研究所 、 廈門大學消化疾病研究所 、 廈門大學器官移植研究所 、 廈門大學附属中山医院 、 廈門大學附属东南医院 、 廈門大學附属厦门眼科中心 、 廈門大學附属东方医院 、 廈門大學附属第一医院 、 廈門大學附属成功医院 、 醫學院教学实验中心 、 中医药研究中心
生物醫學研究院
海洋與地球學院
: 海洋生物科学与技术系 、 海洋化学与地球化学系 、 物理海洋学系 、 应用海洋物理与工程系 、 地質海洋學系
國家重點實驗室: 近海海洋环境科学國家重點實驗室(廈門大學)
國家工程實驗室: 海洋生物制备技术國家地方聯合工程實驗室
教育部批准設立的研究機構: 水声通信与海洋信息技术教育部重點實驗室 、 廈門大學亚热带海洋研究所
國家級示範中心: 海洋環境科學實驗教學中心
国家级人才培養基地: 海洋科学国家理科基础科学研究和教学人才培養基地
福建省批准设立的研究機構: 福建省海洋生物資源開發利用協同創新中心 、 福建省高校海洋化学与应用技术重点实验室 、 福建省高校海洋生物資源開發與保護重點實驗室
厦门市批准设立的研究機構: 厦门市海湾生态保护与修复重点实验室
校批機構: 廈門大學海洋观测技术研发中心 、 廈門大學海洋生物多樣性與全球變化實驗室 、 廈門大學海洋微型生物與地球圈層研究所
支撐體系: 廈門大學海洋科學綜合考察船 、 廈門大學东山临海实验与观测站 、 海洋酸化影响研究中水量实验平台
環境與生態學院
: 環境科學系 、 生態學系 、 環境與生態工程系
國家重點實驗室: 近海海洋环境科学國家重點實驗室
教育部批准設立的研究機構: 滨海湿地生态系统教育部重點實驗室
福建省批准设立的研究機構: 福建省海陸界面生態環境重點實驗室 、 福建省滨海湿地保护与生态恢复工程技术研究中心
校批機構: 环境科学研究中心
海洋與海岸帶發展研究院
共建機構: 廈門海岸帶可持續發展國際培訓中心
廈門大學(深圳)研究院